为了阐释人类裸露皮肤的进化过程，科学家提出过很多理论，其中最引人注意、获得支持最多的是“水猿假说”：人类进化曾经历过水生阶段。在1960年的一篇科普文章中，英国动物学家艾利斯特·哈代（Alister Hardy）爵士首次提出该假说，很快就得到英国作家伊莱恩·摩根（Elaine Morgan）的拥护，后者不断地在她的演讲和作品中宣扬这个假说。但问题是，这个假说显然是错误的。
水猿假说认为，在700万年前～500万年前，东非大裂谷的出现，使早期人类无法在他们偏爱的热带森林环境中生存，不得不适应沼泽、沿海和涝原的半水生生活，而且在此度过了约100万年。摩根认为，人类与水生和半水生哺乳动物拥有一些共同的解剖学特征，而与稀树草原的哺乳动物不同，这就是人类祖先曾经历过水生时代的证据。这里提及的解剖学特征包括裸露的皮肤、顶泌汗腺的减少以及皮下脂肪量的出现。
水猿假说有三个站不住脚的地方。首先，在摩根列举的特征中，不同的水生哺乳动物本身就有很大差别，因此动物体毛的数量与它们的生存环境之间没有直接关系。其次，化石记录表明，水生栖息地有很多猎食性的鳄鱼和攻击性很强的河马等动物。在与这些猛兽对峙时，个体很小、自卫能力不足的人类祖先根本不是对手。第三，水猿假说太复杂。这种假说认为，我们的先祖从陆地生活转入半水生生活，然后再回到全陆地生活。正如美国印第安纳大学波利斯分校的约翰·H·朗顿（John H. Langdon）所阐述的那样，对化石记录最直接的诠释是，人类一直生活在陆地上，人类裸露皮肤的进化动力源自气候变化——它使森林转变为稀树草原。从科学的角度看，最简单的解释往往是正确的。
——尼娜·G·雅布隆斯基
毛发的差异
要弄清楚人类祖先的体毛为什么会脱落，我们先得知道其他动物为什么会有毛发。毛发是哺乳动物特有的皮肤附属物，可作为哺乳动物鉴定分类的依据：所有哺乳动物或多或少都有一些毛发，而毛发浓密的占绝大多数。毛发不仅能防潮、防晒、防擦刮，抵抗有害寄生虫和细菌的入侵，还具有伪装功能，有助于迷惑猎食者。根据不同的毛发特征，动物之间可以相互辨认。哺乳动物还可利用皮毛传达“社交信息”，表明自己的情绪：如果一只狗本能地将脖子和后背上的毛发竖起，就意味着它在传递明显的警告信号，让挑衅者离它远点。
尽管具有如此多的重要功能，但某些哺乳动物世系的毛发已经退化，变得稀疏而纤细，没什么功能。这些动物要么栖息在地下，要么生活在水中。对于裸鼹鼠之类生活在地下的哺乳动物，向无毛进化是对地下大规模群居生活的适应。由于在地下，裸鼹鼠看不见同伴，它们的社会活动也只是挤在一起相互取暖，这时毛发的作用就显得多余。鲸鱼这类海生哺乳动物完全生活在水中，从不上岸，因此裸露的皮肤可以减小水的阻力，有助于长距离潜游。为了弥补保温层的缺失，鲸鱼拥有厚厚的皮下脂肪。相反，水獭等半水生哺乳动物则拥有浓密、防水的毛发，可以吸附空气，增加浮力，让水獭更易于向上游动。在陆地上，毛发还能保护水獭的皮肤。
大象、犀牛（rhinoceros）、河马（hip-popotamus）等大型陆上哺乳动物很容易处于过热状态，需要散去机体产生的大量热量，因此毛发也在进化过程中逐渐脱落。动物体型越大，身体表面积与体重之比就越小，散发体内多余热量的难度也就越大（相反，老鼠和其他小型哺乳动物的身体表面积与体重之比较大，需要努力保留足够的热量）。在更新世期间（即200万年前～1万年前），犀牛、猛犸（mammoth）以及现代大象的其他近亲因为生活在寒冷环境中，身体披着长长的毛发，有助于它们保持体温，降低进食量。而今天，几乎所有大型哺乳动物都生活在闷热环境中，对于这些相对散热面积较小的动物来说，浓密粗长的毛发将会危及生命。
人类体毛的脱落并不是对地下或水生生活的进化适应（尽管一个广为人知的假说认为，人类是从水生猿类进化而来的），也不是体型增大的结果，而是为了使人体保持凉爽状态，这可以从我们的高级出汗机制看出端倪。
